巴拿马运河附加费（Panama Canal Transit Fee，缩写PTF）是由巴拿马运河管理局（PCA）收取，用于弥补巴拿马运河每年的保险成本、维护费用等一系列开支，并从中赚取一定的利润。随着旺季的到来，大船过运河数量不断增加，该费用可能随之提高。PTF费用一般在美国航线以及中南美航线收取。

1914年8月15日巴拿马运河正式通航，极大地缩短了美国东西海岸间的航程，比绕合恩角缩短了1万4千8百公里。

在美国管理时期，运河通行费的费率是按维护和营运的成本计算的，因而运河的经费是自筹的。每次通行收取的费用根据船舶装货或载客的容量计算。1914年设定的费率实际上一直没变，持续60年之久。1973年运河的经营第一次亏损，1974年第一次调高几项费率。

传统上，货物都装在甲板之下，通行费是按仓内所载货物计算。然而，由于船 舶设计的改变，以及广泛以货柜运送货物，所以一大部分装载货物是在甲板上。通过运河的货柜货物量仅次于谷物和石油产品的装运。这些变化导致计量规则的改变 和制定甲板上货柜箱容量通行费的估定办法。在巴拿马运河委员会的领导下，巴拿马运河管理局批准了在计量规章上的类似改变，并在运河移交之后仍然保持美国管 理时期的通行费费率。

从收取的通行费中，巴拿马运河管理局必须缴纳给巴拿马国库年度税费。在缴纳年度税费并付出运河的营运与维护开支后，所有的盈余也都全部上缴国库。